EF-Synonymous · scoring de variantes sinónimas

Entrada

Buscar por gen (Ensembl REST) — opcional

Secuencia CDS del transcrito (solo A/C/G/T, sin cabecera)

Pega el CDS completo (o un fragmento con ≥64 nt a cada lado de la variante). Posición 1 = primera base del codón de inicio.

Variante HGVS (c.)

Formato c.{pos}{REF}>{ALT} a nivel de CDS.

Resultado

–

P(patogénica) · zona gris sombreada = sin evidencia · escala 0 (benigna) → 1 (patogénica)

Evidencia ACMG: –

Descomposición glass-box

La predicción es la suma de dos contribuciones físicas interpretables (logit). Nada opaco.

Perfil de apilamiento ΔG (Turner) alrededor de la variante

Φ nativo (WT) Φ mutante ventana ±10 nt (σ) línea vertical = posición de la variante

trazabilidad SaMD: features, contribuciones, versión del modelo y huella del CDS

Cómo funciona (y qué NO es)

El modelo es una regresión logística de dos observables físicos que recupera la mayor parte de la CNN dedicada del Paper 1 (AUC 0.683 ± 0.018, sin superar a SpliceAI; a la par en el set gene-matched, 0.659):

σ (sigma_signed): suma con signo del ΔΔG de apilamiento nearest-neighbor (parámetros Turner de RNA) en ±10 nt alrededor de la variante. Mide la desestabilización termodinámica local del mRNA.
is_GtoA: transición G>A (sesgo mutacional CpG, enriquecido 2.60× en patogénicas).

Toda la inferencia corre en tu navegador con numpy portado a JavaScript — no hay servidor, no se envía tu secuencia a ningún sitio. Es el argumento glass-box para SaMD/ACMG: cada predicción es reproducible, auditable y trazable variante a variante.

Limitaciones honestas: AUC ~0.68 (evidencia de apoyo, no veredicto). Zona gris amplia. Umbrales de mapeo ACMG ilustrativos, requieren calibración local. Entrenado sobre ClinVar sinónimas (v2, n=1957). No usar para decisiones clínicas.